菌肥是微生物肥料的俗稱，它是一種帶活菌體的輔助性肥料。

土壤中存在著大量的微生物（包括細菌、真菌、放線菌），一般每克土含有幾億至幾十億個微生物。有些對作物生長發育有益，有些則有害。人們用科學的方法從土壤中分離、選育有益微生物，經過培養、繁殖、制成菌劑，將這些菌劑應用于農業，使作物增產，稱為菌肥，又叫做微生物肥料。目前我國生產和應用的菌肥主要有根瘤菌、固氮菌、磷細菌、鉀細菌、EM菌肥料等，均可解除要害，促進生長。

菌肥是通過有益微生物的生命活動，拮抗有害微生物，促進土壤中養分的轉化，提高土壤養分的有效性，改善作物營養條件，增加土壤肥力。菌肥，可以葉面噴施、沾根等。