隨著社會主義市場經濟的發展和農業綜合開發工作的進一步深入以及各級政府職能的轉變，廣大農民自主調整種植業結構的決策權越來越大，更有利于調動農民的積極性。但是，由于我國農業長期受計劃經濟的影響以及農民對科技、信息、市場等方面知識的嚴重缺乏，不少農民在農業綜合開發和農業結構調整中顯得比較盲目，甚至束手無策，從而影響了農業綜合開發的實際效果與綜合效益，出現了一些新特點、新難題、新問題，面臨著新的挑戰。

　　1、農產品整體質量不高

　　隨著加入WTO，當前我國農業發展已步入了一個重要的轉型期，傳統的自給農業已不能適應現代商品農業發展的要求。具體表現在農產品品種單一，農產品生產存在重數量，輕質量，衛生品質差，忽視食品安全等問題，不能適應國內外市場的消費需求，導致農產品缺乏競爭力，部分農產品滯銷，價格徘徊，農民增收困難。為此，農業綜合開發如何處理數量與質量的關系，滿足市場的多樣化需要和消費者的個性化、差異性需求，引導農民開發無公害綠色農產品，適度調整農產品品種數量結構與增長速度，促進農產品整體質量的提高已迫在眉捷。

　　2、資源優勢與市場需求銜接不緊

　　隨著我國農業的進一步發展，農業生產已從過去掠奪式的資源開發利用轉向資源利用與生態環境保護相結合，必須走可持續發展的道路。農產品生產已由資源約束轉向受資源、市場、環境等多重因素約束。在農業綜合開發中如何處理好資源優勢與市場需求的關系，以市場為導向，進一步強化優勢資源的深層次開發，注重生態環境的保護，在市場競爭中把握產品定位，開拓新的市場空間，以市場需求拉動資源優勢向經濟優勢的迅速轉化，應引起高度關注。

　　3、農業結構失衡，種植業比重過大

　　我省農業結構中種植業比重偏大，林牧漁業比重偏小，農產品中名優特新產品少，缺乏市場競爭力。而畜牧業結構中，食糧型畜牧業比重偏大，草食型畜禽比重偏小，畜產品結構相對單一。因此，農業綜合開發如何充分利用我省優越的自然資源，處理好產品結構與產業結構的關系，注意立足區域，又突破常規，開拓創新，將我省區域經濟置于國內經濟、國際市場的大視野中，全方位優化和調整農業與農村經濟結構，發展優勢農產品產業，把產品結構調整的重點放在優質高效與多樣化的市場需求中，促進種植業與養殖業內部結構的優化和轉換升級，建立適應市場需求的合理的農業結構刻不容緩。

　　4、農業產業化水平低

　　我省從事第一產業的農村勞動力占鄉村實有勞動力的比例在70%以上，而從事第二、三產業的不到30%。由于二、三產業發展較慢，農業產業化水平較低，嚴重制約了農村勞動力向非農產業轉移的速度。我省自實施農業綜合開發項目以來，為加速農業產業化進程，實施龍頭帶動名品名牌和科技興農戰略，扶持了一批“龍頭企業”，實現了生產、加工、銷售各環節的有機結合，推進了農業向商品化、專業化、現代化的轉變。然而從整體來看，我省農業產業化水平還很低，產業鏈條很不完整，“龍頭”的輻射帶動作用還很小，不利于優質農產品上規模、上檔次、出效益，不利于發展創匯農業、拓展國外市場、加速國內農業結構的調整。因此，農業綜合開發要和二、三產業及城鎮的發展聯系在一起，發展“產加銷”一體化的產業化體系，并借此帶動城鎮化建設。

　　5、項目和資金管理機制有待健全

　　在深化農村經濟體制改革過程中，減輕農民負擔一直受到各級政府的關注，國家已決定在農村實行費稅改革。這項以減輕農民負擔為核心內容的改革，對涉及到需要農民集資、投勞的事項有嚴格的規定，這些規定與現行農業綜合開發“國家引導、配套投入、民辦公助、滾動開發”的投入機制存在一定的矛盾。如何完善實行農村費稅改革后的農業綜合開發投入機制，已是不容忽視的問題。除此之外，在農業綜合開發中，項目管理和資金管理方面也存在問題，一些政策規定已不適應農業和農村經濟發展的需要，隨著農業綜合開發向縱深推進，將不利于農業綜合開發工作的順利進行。